内蒙古内流区主要分布于内蒙古高原东南缘山地（指大兴安岭、阴山、狼山、贺兰山等）以西和以北的地区，此外，河套以南的鄂尔多斯高原也有局部的内流区域。其面积约占全国总面积的3.42％，而河流的径流总量只占全国的0.1％。平均径流深度仅8毫米，在全国各大内外流区域中其值最小，境内有着大面积的无流区。内流水系主要分布在几个大的塔拉（蒙古语，指宽广的浅盆地）为中心的内陆集水湖盆，它们多由一些短小而不成系统的常流河或间歇河组成。

内蒙古东北部呼伦贝尔盟的内流河，其主要特点是多属国际河流，而且与外流河有着密切的亲缘关系。例如克鲁伦河及哈拉哈河，前者发源于蒙古国境内的肯特山东麓，自西向东注入中国境内的呼伦湖；后者发源于中国大兴安岭西麓，自东南向西北流经蒙古国，最后注入中蒙边境的贝尔湖，两者都是国际河流，呼伦湖与贝尔湖之间又有乌尔逊河相连。过去呼伦湖曾通过其北面的穆得那亚河与黑龙江的上游额尔古纳河相通，克鲁伦河等曾属外流河，后来，因新构造运动的影响，湖泊地区下陷，湖水不能外泄，使穆得那亚河河水倒流入湖，从而使这一水系变为内流水系。呼伦湖和贝尔湖因长期不与外流河相通，现已成为半咸水的内陆湖，1971年为了调节湖水，新开了一条沟通额尔古纳河的运河，并建了闸门，从而人为地控制了呼伦湖水的涨落。又如呼盟另一条较大的内流河——辉河，它源出大兴安岭，过去曾汇入海拉尔河的支流伊敏河，故原为外流水系，后因辉河下游沼泽湿地面积广大，水流分散，愈到下游流量愈小，故尾闾就消失在沼泽区了。因此内蒙古东北部的内流河多与外流河有着亲缘关系。总的说，这里的纬度高，蒸发弱，内流河源出雨雪较多的高山，河流较大、较长，是内蒙古内流区中水量最丰沛的河流。

内蒙古东部和中部地区，由于山势不高，冬雪不大，更无终年积雪的山峰，河水主要靠夏季降水补给，但这里气候干燥，降水稀少，蒸发量大，故河流均较短小，水量也较少，“河不成系、水不没膝”为其特点。这里的河流多半为间歇河，仅是夏季有水，其它季节少水或干涸，其下游多消失于干荒沙地中，只有较大的河流才能成为常流河，往往在下游潴水成湖，例如锡林郭勒（蒙古语，郭勒即河流）、昌都音郭勒、锡拉木伦河（即塔布河）、艾不盖河等。

内蒙古西部地区深居大陆腹地，降水极少，蒸发特强，年降水仅40毫米左右，而年蒸发量高达3600毫米以上，这里大部分地区又为沙漠、戈壁所占据，

因此就形成了大面积闭塞的内陆无流区。西部唯一成形的河流是源出祁连山的黑河的下游——弱水。弱水在内蒙古境内分为东西两支，西支木林河注入嘎顺诺尔（居延海）；东支纳林河注入苏古诺尔，两湖相距30公里，逢旺水季节有水流沟通。弱水的水源来自上游祁连山高山冰川融水，由于中游段河西走廊灌区的重复利用，消耗很大，再加上上游修建了水利工程，因而下游弱水一般只在春汛及夏汛才有水，平时河道干涸。

内蒙古南部的鄂尔多斯高原内流区，是处于外流区包围的孤立的内流区，这里气候干旱，流沙广泛分布，区内无完整水系，也缺少常流河，微量的地表径流都以星罗棋布的内陆湖盆作为它的归宿。