无论对神仙洞还是对其他洞穴。很多研究者和观赏者都会谈到洞穴和景物的年龄究竟有多大，是什么时代形成的，离开现在有多久了。确定洞穴的年龄比较困难，目前世界上还没有一种仪器能测量出洞穴生成的时间，但对景物生成年龄的测量则已经有多种科学分析方法。一般常用的测量方法有14C，铀系法、古地磁方法和电子顺磁共振方法。如果估计景物的年龄在6　｝－7万年前以来生成的，可采用14C方法，其精确程度较高；测量40万年前以来的年龄，多采用铀系法较好。目前景物测量年代都采用铀系法，古地磁法测量景物应用得较少，而电子顺磁共振方法的应用则愈来愈广泛。如独山神仙洞系统中，最高的碉堡洞流石生成时间已有30多万年了，穿洞中的石笋最早已有41万年，最晚也有8万年时间了。神仙洞干洞内的石笋最早者为27万年，晚者为15万年，而有水洞穴的钟乳石却不到1万年。从中不难看到，高层洞穴形成的时间较旱些，其中景物的年龄也要大些，较底层或者本身就是地下河的洞穴，其生成时间要晚些。但从景物的色彩、游程和游览方式来看，一般低位洞穴的景物色泽鲜艳，活力较大，旅程也较长，而且具有泛舟其中，水陆兼游的特点。