京九铁路北起北京，经河北省的霸州、任丘，在衡水与石德线相交。经临西跨卫运河进入山东省，过聊城、阳谷，在河南台前孙口跨黄河，再次进入山东，经梁山、郓城，跨新兖线至菏泽，再经定陶至河南商丘与陇海铁路交叉，随后经安徽亳州至阜阳，折向西南在河南淮滨跨淮河，经潢川、新县，湖北麻城、靳春、黄梅，在九江跨长江与南浔、合（肥）九、武（昌）九铁路相接。
　　过南昌至向塘与浙赣线交会，然后傍赣江而南，穿行于赣江支流云亭河与平江分水岭地带，经吉安、赣州、定南，穿粤赣边境的九连山，进入广东东北部，向西经惠州与广九铁路布吉站接轨，再向南延伸至九龙。